Autonomiczny enzym TGIRT-III i zestaw RG-seq do przełączania matrycy TGIRT.

Enzym TGIRT® III to nowa generacja odwrotnej transkryptazy z kilkoma zaletami:

Jednocześnie odwróć transkrypcję i dodaj adapter RNA-Seq do RNA wszystkich rozmiarów i struktur
Mniej stronniczy sposób niż inne metody
Umożliwiają uzyskanie pełnej długości odczytów tRNA i innych strukturalnych niekodujących RNA

2 różne warianty metody

Jeden dla sekwencji RNA małych RNA: oczyszczone za pomocą PAGE cDNA o wybranych rozmiarach są poddawane cyklizacji z CircLigaseII
Drugi dotyczy sekwencji RNA wszystkich RNA wszystkich klas wielkości

Dostępne w 2 formatach: sam enzym i zestaw

Opis Rozmiar Kod produktu
Enzym TGIRT-III 10 µl TGIRT10
50 µlTGIRT50
5×50 µlTGIRT5x50
10×50 µlTGIRT10x50
Ulepszony TGIRT Modułowy zestaw do przełączania szablonów RNA-seq ** 10 rxnsKTGIRT-10
25 rxnsKTGIRT-25

Zalety enzymu:

  1. Kompleksowe profilowanie transkryptomu specyficzne dla nici.

Sekwencja TGIRT® z fragmentami rybodepletowanych, fragmentowanych próbek uniwersalnego ludzkiego referencyjnego RNA podsumowuje względną obfitość ludzkich transkryptów i sekwencji przypominających porównywalnie z niespecyficzną dla nici TruSeq v2 i lepszą niż specyficzna dla nici Tru-Seq v3. TGIRT®-seq jest znacznie bardziej specyficzny dla nici niż TruSeq v3 i eliminuje błędy w próbkowaniu z losowego gruntowania heksameru, które są nieodłączne od TruSeq. TGIRT®-seq wykazuje bardziej równomierne pokrycie genów od 5 ‘do 3’ i identyfikuje więcej połączeń splicingu niż TruSeq. TGIRT®-seq umożliwia jednoczesne profilowanie mRNA i lncRNA w tym samym sekwencji RNA co ustrukturyzowane małe ncRNA, w tym tRNA, które są zasadniczo nieobecne w zestawach danych TruSeq.

  1. Sekwencja RNA całych komórek, egzosomów, osocza i innych zewnątrzkomórkowych RNA.

Krótki czas przetwarzania (<5 godzin dla konstrukcji biblioteki RNA-sekw. Przez etap PCR); wymaga niewielkich ilości RNA (niski zakres ng); kompleksowe profile transkryptów, w tym mRNA i lncRNA wraz z małymi ncRNA, w tym odczyty pełnej długości tRNA, pre-miRNA i innych strukturowanych małych ncRNA; mniej stronniczości i większa specyficzność nici niż konwencjonalne metody.

  1. Konstrukcja biblioteki RNA-seq poprzez przełączanie szablonów TGIRT® w metodach takich jak RIP-seq, HITS-CLIP, irCLIP, CRAC, profilowanie rybosomów.

Krótki czas przetwarzania (<5 godzin dla konstrukcji biblioteki RNA-sekw. Przez etap PCR); wymaga niewielkich ilości RNA (niski zakres ng); nie wymaga ligazy RNA, jest mniej tendencyjny i bardziej wydajny dzięki mniejszej liczbie etapów procedury.

  1. Wyższa termostabilność, przetwarzalność i aktywność wypierania nici niż retrowirusowe RT.

Umożliwia konstruowanie bibliotek sekwencji RNA poliadenylowanych RNA przy użyciu zakotwiczonego startera oligo (dT) o bardziej jednolitym pokryciu 5 ‘do 3’ niż retrowirusowe RT bez etapu usuwania ryb.
Umożliwia mapowanie struktury RNA za pomocą metod opartych na elektroforezie kapilarnej, takich jak mapowanie struktury SHAPE lub DMS ze znacznie dłuższymi odczytami i mniejszą liczbą przedwczesnych zatrzymań niż w przypadku retrowirusowych RT.
Umożliwia analizę szablonów RNA zawierających powtórzenia bogate w GC.
Umożliwia syntezę pełnej długości cDNA end-to-end z tRNA i innych małych strukturowanych / modyfikowanych ncRNA, które są oporne na retrowirusowe RT.

  1. ssDNA-sekwencja ludzkiego osocza i genomowe DNA E. coli.

Przechwytuje dokładne końce DNA w prostszym przepływie pracy, inicjując syntezę DNA bezpośrednio na końcu 3 ‘nici DNA, jednocześnie łącząc adapter sekwencji DNA bez naprawy końca, ogonowania lub ligacji. Umożliwia analizę położenia nukleosomu, miejsc wiążących czynnik transkrypcyjny, miejsc metylacji DNA i tkanek pochodzenia.

Właściwości enzymów i nowa aktywność:

Wyższa termostabilność, przetwarzalność i wierność niż retrowirusowe odwrotne transkryptazy, umożliwiając syntezę cDNA pełnej długości z wysoce ustrukturyzowanych lub silnie zmodyfikowanych RNA (np. TRNA) i RNA zawierających powtórzenia bogate w GC.
Nowa kompleksowa funkcja przełączania szablonów, która umożliwia dołączenie adapterów RNA-sekw. Lub PCR podczas odwrotnej transkrypcji i eliminuje potrzebę oddzielnego etapu ligacji adaptera RNA 3’1. Ta aktywność przełączania szablonów znacznie ułatwia RNA specyficzne dla nici – konstrukcja biblioteki sekwencyjnej z mniejszą tendencją niż procedury wykorzystujące losowy starter heksamerowy lub wykorzystujące ligazę RNA do ligacji adaptera.
Skuteczna synteza cDNA z odprężonych starterów. Odprężony starter powinien mieć przewidywaną Tm> 60oC. Zaleca się wstępną inkubację enzymu z substratem w mieszaninie reakcyjnej przez 30 minut w temperaturze pokojowej i rozpoczęcie reakcji przez dodanie dNTP. Optymalne warunki dla nowych zastosowań należy określić, badając zakres stężeń soli od 25 do 450 mM NaCl.

Nowa generacja odwrotnej transkryptazy dla RNA-Seq